ללא הודעה רשמית של משרד התחבורה, אפליקציות התשלום עולות סוף סוף לרכבת. ארבע אפליקציות התשלום בתחבורה הציבורית, רב-פס של הופאון פייבוקס וסלופארק, מוביט-פנגו, AnyWay של ישרארט והתחנה של משרד התחבורה, יחלו לפעול מחר (שני) גם ברכבת ישראל. במקור תוכננה הפעלת האפליקציות עוד ביוני שעבר, אך עוכבה בידי שרת התחבורה מירי רגב - אם כי בחברות האוטובוסים ובמטרונית הן החלו לפעול בדצמבר האחרון. לאחר החלפת הזכיין ברכבת הקלה בירושלים בחודשים הקרובים, יתחיל השימוש באפליקציות גם בה.
השימוש ברכבת יהיה שונה מעט מאשר באוטובוסים: אין צורך לסמן את תחנת העלייה לרכבת. עם ההגעה לתחנה, כאשר לוחצים על כפתור "תשלום ברכבת", האפליקציה תזהה באמצעות GPS את תחנת העלייה. על מסך האפליקציה יוצג קוד QR אותו יש לסרוק בקורא הייעודי שמותקן בשערי הכניסה לרכבת, בסמוך לקורא כרטיסי הרב קו.
לאחר הירידה מהרכבת האפליקציה מזהה לבד את תחנת היציאה ומבקשת מהמשתמש לאשר את סיום הנסיעה, ואז היא מפיקה קוד QR נוסף אותו יש לסרוק בקורא ה-QR המותקן בשערי היציאה מתחנת הרכבת.
בניגוד לתעריפי הנסיעה באוטובוסים באמצעות האפליקציות המבוססים על מרחק הנסיעה, תעריפי הנסיעות ברכבת ישארו זהים לטבלת התעריפים המקורית של רכבת ישראל כפי שהיא מיושמת עד כה באמצעות כרטיסי הרב קו. באפליקציות לא תינתן הנחת טעינה מראש (20% או יותר) הקיימת בנסיעה עם כרטיס רב קו טעון.
אך גם כאן אין צורך בטעינה מראש של סכום לתשלום, והאפליקציה תחשב הסוף כל החודש את התעריף הזול ביותר עבורכם. גם ברכבת יופעל מנגנון תקרת תשלום יומית לנוסעים אשר נוהגים לנסוע בתחבורה הציבורית מספר פעמים.
תקרת התשלום בנסיעה בתחבורה ציבורית המשלבת נסיעה ברכבת עומדת על 15.5 שקל ליום לנסיעה באיזור בקו אווירי של 15 ק"מ, 24.5 שקל לנסיעה באיזור בקו אווירי של 25 ק"מ, 35 שקל ל-55 ק"מ, 49 שקל ל-100 ק"מ, 58.5 שקל ל-250 ק"מ, ו-293.5 שקל ל-250 שקל ויותר.
