לא מעט נכתב על הקשר היהודי של באיירן מינכן. יש אפילו מי שכינו אותה "הקבוצה היהודית" – אבל דווקא עכשיו, כשכדורגלן יהודי־ישראלי ראשון עומד לחתום במועדון, ראוי להעמיד דברים על דיוקם.
אמנם באליפות הראשונה של באיירן, ב־1932, נשיא המועדון קורט לנדאואר והמאמן ריכרד קון היו יהודים, אולם עם עליית הנאצים לשלטון ב־1933, הם מצאו את עצמם בחוץ. לנדאואר נאלץ להתפטר, וב־1938 נשלח למחנה הריכוז דכאו. הוא הצליח להימלט לשווייץ לפני פרוץ מלחמת העולם השנייה. ב־1947 חזר למינכן ומונה שוב לנשיא המועדון, עד שנפרד מהתפקיד סופית ב־1951.
קון נאלץ להיפרד גם הוא מתפקידו ועבר לאמן את ברצלונה, הקבוצה שבה עבד לפני שהגיע למינכן, המשיך לפיינורד, והסתתר כשהנאצים כבשו את הולנד. בסופו של דבר הוא שרד. לעומתם, מנהל מחלקת הנוער של באיירן עד לעליית הנאצים לשלטון, אוטו אלבר ביר היהודי, נרצח בקובנה ב־1941.
ההיסטוריון גרגור הופמן, מהמכון לחקר היסטוריה בת זמננו במינכן, ערך בשנים האחרונות מחקר שהוזמן בידי באיירן מינכן עצמה, במטרה לשפוך אור על תולדות המועדון בזמן השלטון הנאצי. הוא גילה, בין השאר, שרוב חברי ההנהלה של באיירן בשנים 1933־1945 היו חברים במפלגה הנאצית (לפחות 21 מתוך 41). כבר ב־1935 הדירה באיירן יהודים (ואחרים שהוגדרו כ"לא ארים"), עוד לפני שהייתה מחויבת לכך בחוק.
בעברה של באיירן יש גם רגעים מעוררי כבוד. למשל, משחק ידידות בשווייץ במהלך המלחמה, שבו בירכו השחקנים את לנדאואר הגולה – מה שעורר את זעם הגסטפו. המועדון נמצא לאורך השנים בקשרים טובים עם הקהילה היהודית, תרם רבות למכבי מינכן ואפילו היה שותף לבניית מרכז ספורט למועדון היהודי בעיר. הקהל של באיירן דחף את העיסוק בקשר היהודי של הקבוצה, באמצעות מחוות לזכר לנדאואר או הנפת שלטים להנצחת זכר השואה, אבל בסיכומו של דבר המציאות מורכבת.
במובנים רבים, באיירן לא הייתה טובה בהרבה ממועדונים גרמניים אחרים, בכל הקשור ליחסה ליהודים ולבני מיעוטים נרדפים אחרים בתקופת הנאצים. הגעתו של דניאל פרץ למועדון מהדלת הראשית, כשוער ממדינת היהודים, יכולה להיות במידה רבה עוד צעד של תיקון.
