• בית העלמין העתיק. עם הירידה במדרגות התלולות תגיעו אל מקום קבורתם של גדולי הדור במאה ה־16, שקבריהם עדיין נחשפים מדי פעם בעבודות שיקום שנערכות במתחם העתיק. בין שביליו של בית העלמין העתיק תצאו למסע היסטורי ביהדות התורנית ותמצאו בו את מקום מנוחתם של האר"י, רבי יוסף קארו, רבי שלמה אלקבץ, רבי משה קורדובירו, רבי משה אלשיך ועוד רבים. על פי המסורת, קבורים בבית העלמין אף הנביא בארי, הנביא הושע בן בארי, חנה ושבעת בניה, רבי פינחס בן יאיר מתקופת התנאים, רב סעדיה גאון מתקופת הגאונים ועוד שורה ארוכה של גדולי ההגות היהודית.
• בית הכנסת האר"י הספרדי. בית הכנסת ממוקם בקצה העיר העתיקה, ברחוב האר"י, ועל פי המסורת, התפללו בו האר"י ותלמידיו. בית הכנסת נבנה בין המאה ה־13 למאה ה־14, ובמקור נקרא בית הכנסת אליהו הנביא. מסופר כי התגלה בו אליהו הנביא בפני האר"י הקדוש. הוא מוכר כבית הכנסת העתיק ביותר שהשתמר בעיר.
• בית הכנסת האר"י האשכנזי. על פי המסורת בית הכנסת הוקם על שטח השדה הפתוח שאליו האר"י ותלמידיו היו יוצאים לקבל את השבת. לא ידוע בדיוק מתי הוקם בית הכנסת, אך ההערכה היא שאינו ישן כמו בית הכנסת שבו האר"י עצמו התפלל והוקם בסביבות המאה ה־16.
• מרכז "לבנות ולהיבנות". במרכז המבקרים שבעיר העתיקה תרדו אל מנהרות תת־קרקעיות באורך כמאה מטר, אשר נחשפו ושוחזרו באופן המדמה מסע אל העבר. במנהרות מגוון תחנות עם סיפורי מקום שאפשר להפוך למסע אישי עמוק של זהות ומשמעות. סמוך להן "בית הקהל", שריד של שכונה עתיקה שנחשף בשנת 2005. במקום התגלו מבנים וממצאים עתיקים, בהם מקווה מחומם, מאפייה קהילתית, מערכת ניקוז ובורות מים וחללי מסחר ומגורים. המתחם הוכרז כאתר מורשת לאומי בשנת 2011.
