זמן קצר לפני מתקפת הפתע של חמאס בשבת בבוקר, זיהה המודיעין זינוק בפעילות של רשתות חמושי מחבלי חמאס שאחריהן עקב. שני גורמי ביטחון ישראלים בכירים, שחשפו זאת בפני ה"ניו יורק טיימס", אמרו שבמודיעין הבינו שדבר מה חריג מתרחש, ושלחו אזהרה ללוחמים בגבול עזה. אלא שהאזהרה לא הובילה לפעולה, או בגלל שהחיילים לא קיבלו אותה, או בגלל שלא קראו אותה.
זמן קצר אחר כך, שלח חמאס רחפנים לנטרול חלק מרשתות התקשורת הסלולריות ומגדלי ההאזנה בגבול, במטרה למנוע את המעקב מרחוק במצלמות. הרחפנים השמידו גם את מערכת "רואה־יורה", שמופעלת מרחוק על ידי תצפיתניות ותצפיתנים, במטרה לפגוע במחבלים שמתקרבים לגדר. לפי חמאס, 35 רחפנים לקחו חלק במכת הפתיחה, ובהם הכטב"מ המתאבד "זווארי".
זו הייתה הפתיחה שאיפשרה למחבלי חמאס לפוצץ קטעים בגדר ולהרחיב אותם עם בולדוזרים בקלות מדהימה, וזה היה האות שאיפשר למאות רבות של מחבלים נוספים להיכנס דרך אותו פרצות לשטח ישראל. בטבח שאותו ביצעו מחבלי חמאס נרצחו ונפלו יותר מ־1,200 ישראלים, ויותר מ־3,000 נפצעו.
הכתבה הנרחבת של "ניו יורק טיימס", עליה חתום גם עיתונאי "ידיעות אחרונות" רונן ברגמן, מגלה שהכשלים המבצעיים הללו היו רק חלק ממחדלים לוגיסטיים ומודיעיניים רבים אחרים.
חמאס הפתיע את ישראל הן בעצם ההתקפה והן בשיטות השונות שבהן השתמש כדי לעבור את הגדר האימתנית ולהיכנס לישראל. בכיר במערכת הביטחון אמר שבידי קהילת המודיעין הישראלית היו אינדיקציות מסוימות שלפיהן יש בחמאס מחשבות על תכנון פעולה גדולה, אך אלה היו רחוקות מלהתגבש לתמונה ברורה, ובוודאי להתרעה על מקום וזמן. מאידך, פעולות אחרות של החמאס וראשיו שיכנעו את ישראל בדיוק במגמה ההפוכה - שחמאס נמצא בתקופה מתונה יחסית.
התקפת הפתע של חמאס נגד ישראל – שרובה לפחות התנהל בהצלחה מבחינת חמאס – חושפת כמה כשלים משמעותים של הממסד הביטחוני הישראלי. לפי ארבעה גורמי ביטחון בכירים ישראלים, הניתוח הראשוני הראה שההצלחה של חמאס בביצוע הטבח נבעה מכמה כשלים במודיעין ובצבא:
1. קציני המודיעין נכשלו בניטור רשתות תקשורת מרכזיות שבהן השתמשו המחבלים הפלסטינים.
2. ישראל התבססה יתר על המידה על אמצעי מעקב וניטור שחמאס השמיד בקלות יחסית, עיוור את הכוחות בגבול, ויצר ערפל קרב שבחסותו הצליחו המחבלים לפשוט על הבסיסים והיישובים.
3. כבר בשלב הראשון של המתקפה חמאס פשט על בסיס ובו קצינים בכירים, ובכך מנע גם תקשורת עם יתר הכוחות וגם הזעקת תגבורת.
4. בישראל האמינו והתרשמו לחיוב כששמעו בכירים צבאיים של חמאס אומרים, ברשתות הפנימיות שהם ידעו שהישראלים מאזינים להן, שהם לא מתכוננים למערכה.
"הוצאנו מיליארדים כדי לאסוף מודיעין על חמאס. ואז, בשנייה, הכול נפל כמו דומינו", אמר יואל גוז'נסקי, בכיר לשעבר במל"ל.
הכשל הראשון אירע חודשים לפני תחילת המלחמה, כשבכירי הצבא ומערכת הביטחון הציגו הערכות שגויות בנוגע לאיום מעזה. "מאז שומר חומות, במאי לפני שנתיים, יש החלטה של הנהגת חמאס להפגין איפוק וריסון חסרי תקדים", אמר בראיון לרדיו ראש המל"ל צחי הנגבי, שישה ימים בלבד לפני התקפת הפתע. בביטחון רב הוא קבע: "למעלה משנתיים לא היתה פעולת ירי יזומה של רקטה אחת אפילו, של חמאס מעזה. חמאס מאוד מאוד מרוסן ומבין את המשמעויות של התרסה נוספת. חמאס מורתע מאוד, ל־15 שנים לפחות. פניו אינן להסלמה".
גם בשבוע שעבר, כשבכירי המודיעין תידרכו בשבוע שעבר בנוגע לאיומים הדחופים, הם התמקדו בסכנות מכיוון הגבול הצפוני. האתגר מכיוון חמאס כמעט לא הוזכר. "חמאס מורתע", אמר אחד מהם, בדיוק כמו דבריו הפומביים של הנגבי.
ואכן בשיחות ביניהם, שלהן – כך ידעו היטב – ישראל האזינה, יצרו פעילי חמאס את הרושם שלפיו הם רוצים להימנע ממלחמה נוספת שנתיים אחרי "שומר החומות". כעת, אמרו שני גורמים ישראלים, המודיעין בודק אם אותן שיחות היו אמיתיות או מבוימות.
שניים מהגורמים אמרו ל"ניו יורק טיימס" שמערכת המעקב בגבול התבססה כמעט אך ורק על מצלמות, חיישנים ומערכות "רואה־יורה" המופעלות מרחוק. בכירי צה"ל סברו שהשילוב בין מערכות מעקב מרחוק, לבין הגדר האימתנית והמכשול התת־קרקעי למניעת מנהרות חוצות גדר, יהפוך חדירה לישראל לכמעט בלתי־אפשרית ויקטין את הצורך במספר רב של חיילים המוצבים בבסיסים.
עם התקנת המערכת החל הצבא להפחית את היקף הכוחות בגבול עזה והעביר אותם לאזורים אחרים, ובהם יהודה ושומרון. אלוף (מיל') ישראל זיו, שאמר זאת לעיתון האמריקאי, הוסיף: "הקטנת הכוחות נראתה הגיונית על רקע בניית הגדר והאווירה שהיא יצרה, כאילו היא בלתי מנוצחת ואיש לא יוכל לחדור אותה. זה הוריד את המתח של המפקדים והחיילים, וגרם להרפיית המשמעת המבצעית. בעוד תשומת הלב של הצבא עברה לתחומים אחרים, לפיקוד הדרום לא היה שום תרחיש שתיאר כל אפשרות שמשהו בסדר גודל כזה יקרה".
אלא שלמערכות הנשלטות מרחוק יש חיסרון - ניתן גם להשמיד אותן מרחוק. חמאס ניצל את נקודת התורפה הזו בכך ששלח עשרות רחפנים לתקוף את מגדלי התקשורת, שהעבירו אותות ממערכת המעקב ואליה. ללא אותות סלולריים המערכת חסרת תועלת. החיילים שמוצבים בחדרי השליטה לא קיבלו התרעות על החדירה, ולא יכלו לראות בווידאו את אנשי חמאס הורסים את הגדר עם בולדוזרים. גם את הגדר עצמה, התברר, הרבה יותר קל לחדור ממה שהיה צפוי.
יותר מ־1,500 מחבלים חדרו לעזה ביותר מ־30 נקודות בגבול, חלקם באמצעות גלשני אוויר שעברו מעל המכשול, והגיעו במכת הפתיחה לפחות לארבעה בסיסי צה"ל מבלי שיורטו. בתמונות שהועברו על ידי קצינים ישראלים נראו לוחמים רבים שנורו למוות בחדרי המגורים שלהם בבסיסים, חלקם בזמן שישנו. בהמשך תקפו המחבלים עוד בסיסים רבים.
הכשל המבצעי השני היה ריכוז הקצינים מאוגדת עזה במתחם גדול אחד, לא הרחק מהגבול. כשמפקדת האוגדה נכבשה והחטיבות המרחביות הותקפו, רבים מהקצינים הבכירים שיצאו להגן על החיילים שלהם ונלחמו בגבורה, נהרגו או נפצעו. לפי שני גורמים ישראלים, היו גם כמה מהם שנפלו בשבי. כל זאת מנע תגובה מתואמת למתקפה, והיקשה על העברת חומרת המצב לקצונה הבכירה.
"כתוצאה מכך, איש שם לא חש בצורך המיידי במתקפה אווירית מסיבית ובכיסוי אווירי נרחב, אפילו כאשר ברשתות החברתיות הופצו התמונות על מתקפות ביישובים רבים", נכתב ב"ניו יורק טיימס" מפי גורמים ישראלים. "לקח שעות לחיל האוויר להגיע לאזור, אף שהבסיסים נמצאים במרחק של דקות טיסה משם".