בצה"ל ובמערכת הביטחון קיים חשש כי נעשו ניסיונות לשנות תמלולים ופרוטוקולים של דיוני קבינט ואף שיחות טלפון של עדכונים ביטחוניים עם מקבלי החלטות ובראשם ראש הממשלה בנימין נתניהו. המזכיר הצבאי הקודם של ראש הממשלה, אלוף אבי גיל, פנה לפני מספר חודשים במכתב ליועצת המשפטית לממשלה בנושא. בכירים המעורים בנושא אמרו כי המכתב התקבל אצל היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, ללא העתקים.
גורמים במערכת הביטחון טוענים כי מראשית המלחמה איתרו פערים בין חלק מהתמלולים ובין הדיונים והשיחות כפי שהתרחשו בפועל.
כעת מתברר שאישים במשרד ראש הממשלה פנו באופן פרטי למזכיר הצבאי לראש הממשלה גיל, והזהירו כי נעשה ניסיון מצד גורמים בלשכת נתניהו במהלך המלחמה לשנות, או כלשונם "להתעסק", עם חלק מהפרוטוקולים או התמלולים בדיעבד לאחר כמה ישיבות. אחד מהדיונים המסווגים הללו עסק בהיערכות רגישה לקראת אירוע מדיני משמעותי.
הניסיון של לשכת נתניהו התבצע לכאורה ישירות מול עובדי משרד ראש הממשלה שעוסקים בפרוטוקולים. בכירים במערכת הפוליטית הוסיפו שחלק מישיבות הקבינט המצומצם, שהתקיימו בראשית המלחמה ב"בור" בקריה, הועברו למשרד רה"מ; הם אמרו שבעוד שבבור כל דיון מוקלט, בלשכות משרד ראש הממשלה (בקריה או בירושלים) אין להם כל ודאות כזו. גורמים בכירים במערכת הביטחון עודכנו בעניין בחודשים האחרונים.
כזכור, כמה שבועות אחרי תחילת המלחמה הוציאה היועצת המשפטית לממשלה הנחיה לראש המל"ל, צחי הנגבי, לאסוף מסמכים מסווגים שנמסרו ללשכת ראש הממשלה ועסקו בחודשים שלפני המלחמה. המסמכים נאספו לכאורה לקראת חקירה אפשרית בסיבות ובמחדלים שהובילו למלחמה. בין היתר, פירסם בשעתו גידי וייץ ב"הארץ" כי ראש הסגל צחי ברוורמן ביקש מקצרניות במשרד ראש הממשלה את הפרוטוקולים המלאים של הישיבות.
מצה"ל לא נמסרה כל תגובה, כמו גם מאלוף אבי גיל.
מלשכתה של היועצת המשפטית לממשלה לא נמסרה תגובה.
מלשכת ראש הממשלה נמסר: "שקר מוחלט, ידיעה שלא הייתה ולא נבראה. מי שבקיא בתהליכי העבודה יודע שאין היתכנות לאירוע כזה". לאחר פרסום הכתבה ב-ynet לשכת ראש הממשלה ביקשה להוסיף לתגובתה: “כל הדיונים מוקלטים ומתומללים מתוקף החוק - ומשכך לא ניתן לשנות את תוכנם”.
בכירים במערכת הפוליטית הוסיפו שחלק מישיבות הקבינט המצומצם, שהתקיימו בראשית המלחמה ב”בור” בקריה, הועברו למשרד רה”מ; הם אמרו שבעוד שבבור כל דיון מוקלט, בלשכות משרד ראש הממשלה (בקריה או בירושלים) אין להם כל ודאות כזו
