למשך כמעט חודשיים הפרקליטות הצבאית לא הגדירה את הרצח של יוחאי אבני (40) כפיגוע, גם אחרי שהנאשם יצא דובר שקר בבדיקת פוליגרף כשנשאל אם ביצע את הרצח ממניע לאומני. רק אחרי שהמשפחה איימה לפנות לבג"ץ אם המניע הלאומני לא יוסף לאישום - הפרקליטות הצבאית הגדירה את הרצח כפיגוע.
בכתב האישום מיוחסת לפעיל חמאס איברהים מנסור עבירה של גרימת מוות בכוונה (עבירה שמקבילה לרצח בדין הצבאי). השופט הצבאי, רס"ן ברק טמיר, הורה להשאיר את הנאשם במעצר עד 11 בספטמבר לפחות, וציין: "כתב האישום מתאר כיצד החליט הנאשם להיכנס לגבעון החדשה ביודעו כי מדובר ביישוב שבו מתגוררים יהודים בלבד, ולאחר מכן פעל לשם גרימת מותו של המנוח".
הפיגוע האכזרי התרחש ב–7 ביולי. בכתב האישום מתוארת בצורה קשה ביותר השתלשלות האירועים. לפי האישום, מנסור ניסה תחילה לפרוץ ליחידת הדיור בקומה השנייה בבניין דרך גרם המדרגות, אך כיוון שהדלת הייתה נעולה הוא טיפס לגג ונכנס ליחידת הדיור דרך החלון. יוחאי ז"ל - שהיה לוחם שב"ס - ישן באותה עת במיטה. המחבל הבחין בו ישן אך נכנס בכל זאת, וכשיוחאי התעורר בשלב מסוים - בין השניים פרץ מאבק שבמהלכו ניסה יוחאי להגן על עצמו וגם צעק.
לפי כתב האישום, "הנאשם החליט לגרום למותו של המנוח, ותקף אותו באכזריות רבה, גם בשל היותו יהודי, ועל מנת להביא למותו". נכתב כי בזמן שיוחאי ניסה להגן על עצמו, המחבל מנסור חבט בראשו בחוזקה באגרטל שהוצב סמוך למיטה בעוצמה כזו שגרמה לאגרטל להתנפץ לחלקים רבים, ובהמשך חבט בו גם בכיסא. לפי האישום, מנסור רצח את יוחאי בלא פחות מ–66 דקירות, באמצעות שתי סכינים שונות, שאחת מהן מצא המחבל במטבח הדירה. כל זאת, נכתב "עשה הנאשם בשל היות המנוח יהודי".
לאחר מכן, המחבל גם גנב חפצים מהדירה, בהם מחשב נייד, שעון חכם, אולר ושני בשמים. הוא שטף את הדם מהכפפות שהיו על ידיו, ואז הצית את הדירה: נכתב כי "הנאשם הוציא את בגדיו של המנוח מארונות הדירה והחל להניחם במערום סמוך למיטה ולגופתו של המנוח. על הבגדים פיזר הנאשם נייר טואלט והצית אותם בעזרת מצית שמצא". לאחר מכן הנאשם ברח מהזירה לשטח פתוח, שם שרף גם את בגדיו. הוא נסע חזרה לביתו, ניקה את הרכב מכתמי דם והמשיך בשגרת חייו - עד שנעצר שלושה ימים לאחר הרצח, ב–10 ביולי. גופתו של יוחאי ז"ל אותרה רק למחרת הרצח, ב–8 ביולי, אחרי שלא הגיע לעבודה וחבריו הגיעו לביתו כדי לברר את מצבו. השריפה עצמה לא זוהתה, כיוון שהמחבל סגר את החלון וכך לא נכנס חמצן שאפשר לה להתפשט.
עו"ד רן רוכברגר, שמייצג את בני המשפחה, מסר: "המשפחה מרגישה הבוקר הקלה גדולה, מברכת על כתב האישום שהוגש. הוא עומד באופן ברור על המניע הלאומני לרצח שביצע המחבל השפל שנטל את חייו של יוחאי אבני ז"ל, ויש בכך משום נחמה למשפחה השכולה".
"המחבל הזה ייקרא מחבל כפי שהוא" אמרה אחותו של יוחאי עם הגשת כתב האישום, "אמנם את יוחאי שלנו אף אחד לא יוכל להחזיר - אבל יש פה איזושהי הקלה, שיש פה צדק במדינת ישראל".
