התקציב החדש עשוי להביא עימו לא מעט מכות על מערכת הבריאות. "משרד האוצר מבקש לערוץ קיצוצים במערכת הבריאות, אך אנחנו לא ניתן לזה לקרות", הבהיר אתמול מנכ"ל משרד הבריאות, משה בר סימן טוב, בתדרוך לכתבים. דווקא בעת מלחמה, מתוכנן קיצוץ של 275 מיליון שקל.
גורמים במערכת הבריאות מצביעים על פגיעה מסתמנת במבחני התמיכה לקופות החולים, בין היתר בתחומי התפתחות הילד, זמינות של MRI, צמצום תחלואה של סוכרת בחברה הערבית ועוד. מדובר למעשה בתמריץ כלכלי שבמסגרתו הקופות מתחייבות לבצע מטלות או משימות מסוימות, ומקבלות עבורן תשלום נוסף. פגיעה באותם מבחני תמיכה עשויה להביא לכך שהקופות לא יבצעו שורה של מהלכים שמשמעותם הגברת הזמינות לרפואה בתחומים מסוימים או התפתחותם.
במסגרת גיבוש התקציב עשוי לצאת לדרך גם אחד המהלכים העיקריים שמקדם משרד הבריאות בשבועות האחרונים ומחולל סערה במערכת, שבו המשרד ייקח לעצמו את האחריות על תכנון כוח האדם במערכת וביתר שאת את תכנון ההתמחויות מהמועצה המדעית של ההסתדרות הרפואית שכעת אמונה על הנושא באופן בלעדי. המשמעות היא ריכוז הנושא במשרד הבריאות, לאחר שבמשך שנים כל הקצאות התקנים להתמחויות בחלוקה לבתי חולים ומקצועות הייתה בידי המועצה. תומכי המהלך טוענים כי מדובר בצעד מתבקש, שמהווה תיקון להיעדר הרגולציה שממנו סבל הנושא עד כה. מנגד, בהסתדרות הרפואית מתחו על כך ביקורת וכינו את המהלך "השתלטות פוליטית". לדברי ההסתדרות, "אם החלטת הממשלה להשתלטות פוליטית על המועצה המדעית והכשרת הרופאים תעבור - לא נהסס לנקוט צעדים ארגוניים ולהשבית את מערכת הבריאות ללא הגבלת זמן".