בחודש יולי האחרון חשף נדב איל ב"ידיעות אחרונות" ו-ynet כי במערכת הביטחון קיים חשש שנעשו ניסיונות מצד גורמים בלשכת ראש הממשלה במהלך המלחמה לשנות תמלולים ופרוטוקולים של דיוני קבינט ואף שיחות טלפון של עדכונים ביטחוניים עם מקבלי החלטות, ובראשם נתניהו.
עוד דווח כי המזכיר הצבאי הקודם של ראש הממשלה, האלוף אבי גיל, פנה כמה חודשים לפני כן במכתב ליועמ”שית בנושא. בכירים המעורים בנושא אמרו אז שהמכתב התקבל אצל היועצת גלי בהרב-מיארה, ללא העתקים.
גורמים במערכת הביטחון טענו כי מראשית המלחמה איתרו פערים בין חלק מהתמלולים ובין הדיונים והשיחות כפי שהתרחשו בפועל. לפי הדיווח, אישים במשרד ראש הממשלה פנו באופן פרטי למזכיר הצבאי לראש הממשלה גיל, והזהירו כי נעשה ניסיון מצד גורמים בלשכת נתניהו במהלך המלחמה לשנות, או כלשונם "להתעסק", עם חלק מהפרוטוקולים או התמלולים בדיעבד לאחר כמה ישיבות. אחד מהדיונים המסווגים הללו עסק בהיערכות רגישה לקראת אירוע מדיני משמעותי.
הניסיון של לשכת נתניהו נעשה לכאורה ישירות מול עובדי משרד ראש הממשלה שעוסקים בפרוטוקולים. בכירים במערכת הפוליטית הוסיפו שחלק מישיבות הקבינט המצומצם, שהתקיימו בראשית המלחמה ב"בור" בקריה, הועברו למשרד ראש הממשלה. הם אמרו כי בעוד בבור כל דיון מוקלט, בלשכות משרד ראש הממשלה (בקריה או בירושלים) אין להם כל ודאות כזו. גורמים בכירים במערכת הביטחון עודכנו בעניין בחודשים האחרונים.
כמה שבועות אחרי תחילת המלחמה, נזכיר, הוציאה היועצת המשפטית לממשלה הנחיה לראש המל"ל, צחי הנגבי, לאסוף מסמכים מסווגים שנמסרו ללשכת ראש הממשלה ועסקו בחודשים שלפני המלחמה. המסמכים נאספו לכאורה לקראת חקירה אפשרית בסיבות ובמחדלים שהובילו למלחמה. מצה"ל לא נמסרה אז כל תגובה, כמו גם מהאלוף אבי גיל.
