פינוי הפצועים התעכב ונמשך למעלה משעתיים

הפיגוע הקטלני אמש (ד') בעמנואל היה יוצא דופן בשל הזמן הרב שעבר מזמן הפיגוע, ועד שאחרון הפצועים הגיע לבית החולים. רק כשעתיים וחצי לאחר פיצוץ מטען הצד הקטלני הגיע הפצוע האחרון אל בית החולים. זאת בשל ירי מתמשך על הנפגעים וכוחות ההצלה ממארב מתוכנן של המחבלים.
כבר בשעה 6 בערב נערכו בתי החולים במתכונת חירום, כדי לקבל את הפצועים מהפיגוע ההמוני, אולם חדרי המיון עמדו ריקים במשך שעה ארוכה עד לקליטת הנפגעים הראשונים. אנשי מד"א סיפרו כי לא התאפשרה גישה מהירה אל הפצועים, למרות שבמקום שכבו נפגעים רבים, חלקם במצב קשה ואף אנוש. פינוי הפצועים הראשונים לבתי החולים התרחש כשעה לאחר הפיגוע, ונמשך למעלה משעתיים.
לדברי דובר מד"א, ירוחם מנדולה, "היתה אש כבדה ומתוכננת על כוחות הביטחון וכוחות ההצלה, ולכן היה קושי בפינוי מהיר. הירי נמשך עד שכוחות הביטחון הפסיקו את האש. בכל הזמן שבו נשמעו יריות הפצועים טופלו בשטח. מספר חובשים סיפרו שנורו מספר קליעים גם לכיוון האמבולנסים".
חיים קטלן, פרמדיק במד"א, שמתפקד ככונן בישוב אלפי מנשה, היה מראשוני המחלצים שהגיעו למקום הפיגוע ופינו את הפצועים הקשים. לדברי קטלן, "נורתה אש כל הזמן. שמענו קולות של ירי במשך 10 דקות, שבהן פינינו שני פצועים קשה למרכז רפואי רבין. בזמן שמפנים פצועים מפחדים מהאש, אבל כשהולכים להציל אנשים, לפחד יש חשיבות משנית. עכשיו, כשאני משחזר את האירוע, אני אומר לעצמי: 'וואוו, זה היה מפחיד'".
בביה"ח שיבא בתל השומר, במרכז רפואי רבין בפתח-תקוה ובביה"ח מאיר בכפר סבא נקלטו 22 פצועים מהפיגוע, מתוכם 6 במצב קשה עד אנוש והיתר במצב קל עד בינוני. בין הפצועים גם אם לתינוק שנפצעה באורח קל והמשיכה לשאת עליה את הפעוט בעת הטיפול בחדר המיון ושני אחים, בני 16 ו-19, שניהם פצועים ומצבם קשה.