אחרי הסדר הטיעון: השופט הוסיף שנת מאסר לרב הראשי לשעבר מצגר
בצעד חריג, בית המשפט לא קיבל את עונש 3.5 השנים שנגזר על הרב הראשי לשעבר במסגרת עסקת טיעון. השופט הדגיש כי אם לא היה נחתם הסכם, מצגר היה נשלח לתקופה של בין 6 ל-9 שנות מאסר בגין עבירות השוחד והמרמה שבהן הורשע. לשמע הבשורה החל הרב לדמוע
בית המשפט המחוזי בירושלים גזר 4 שנות מאסר וחצי על הרב הראשי לשעבר יונה מצגר שהורשע במסגרת הסדר טיעון בעבירות שוחד ומרמה. בכך, בצעד חריג, הוסיף בית המשפט שנת מאסר מעבר ל-3.5 השנים שנקבעו בין הצדדים בהסדר הטיעון. השופט משה יועד הכהן הוסיף ואמר כי אם לא היה נחתם הסכם העונש שהיה מוטל על מצגר היה בין 6 ל-9 שנים, כאשר העונש הראוי בגין מעשיו עומד על 7 שנות מאסר. לשמע הבשורה החל מצגר לדמוע.
בחודש ינואר חתמה פרקליטות מחוז ירושלים על הסדר טיעון עם הרב הראשי לישראל לשעבר. על פי ההסדר, מצגר יודה ויורשע בעבירות שוחד ומרמה שמיוחסות לו, וירצה שלוש שנות מאסר וחצי. בנוסף יוטל עליו קנס כספי בסך חמישה מיליון שקל. היא הגישה לבית המשפט המחוזי בעיר כתב אישום מתוקן נגד מצגר בגין עבירות לקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה ועבירות מס שביצע בעת שכיהן כרב הראשי לישראל. הוא הואשם באוקטובר 2015 בשורת עבירות שוחד, מרמה והפרת אמונים. לפי כתב האישום, הרב מצגר קיבל שוחד בהיקף של כעשרה מיליון שקלים, שמתוכם נטל לכיסו סך משוער של כשבעה מיליון שקלים.
כתב האישום המקורי משרטט את השיטה של מצגר ללקיחת אחוזים מכספים שיועדו לתרומה. יחד עם נהגו הם גייסו תורמים לעמותות, שבעלי התפקידים בהן הסכימו להעביר לרב עשרות אחוזים מן התרומות שיתקבלו בתיווכו. השניים גייסו תרומות לישיבה שפעלה בבית הכנסת של הרב מצגר. על פי החשד, אחת התרומות בסך 28 אלף דולרים ניתנה לידי הנהג, הוא העבירה לרב מצגר, והיא חולקה בין שניהם מבלי שהועברה כתרומה לישיבה.
תרומה אחרת בסך כ-72 אלף שקלים ניתנה על ידי איש עסקים ישראלי לעמותת "בית התבשיל" המספקת מזון לנזקקים. לאחר קבלת הכספים העביר לכאורה מנכ"ל העמותה לרב מצגר 30% מסך התרומה, כ-22 אלף וחצי שקלים, מבלי ליידע את התורם. בכתב האישום נטען כי כך נעשה פעמים רבות.
במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל בשנים 2013-2003, כך על פי כתב האישום המקורי, קיבל הרב מצגר לכיסו טובות הנאה בסכומי כסף משמעותיים
מאנשים פרטיים בעד פעולות הקשורות בתפקידו. טובות הנאה אלו התקבלו במספר רב של הזדמנויות, הן במסגרת אירועים פרטיים והן כתמורה להשתתפות הרב באירועים שערכו נותני טובות ההנאה. כמו למשל, בחסות נישואי בנו של הרב ביולי 2010. בשיחה שהתקיימה לפני החתונה בין הנהג לבין שניים מהמוזמנים סוכם כי השניים ייתנו לרב טובת הנאה בשווי רב, שתועבר כ"מתנה" לכבוד החתונה. בהתאם לכך הועבר תשלום בסך 500 אלף דולרים ישירות לרב, בעשרה תשלומים במזומן.