בגלל הקו המהיר לירושלים: פחות רכבות בין תל אביב לצפון
לקראת הפעלת הקו המהיר לירושלים יורגש שינוי בשאר הקווים, ובמיוחד בקווים ליישובי הצפון ומהם העמוסים ממילא
קו הרכבת המהיר לירושלים צפוי להיפתח רק בסוכות - אם יתממשו ההבטחות - אך את ההשלכות שלו ניתן יהיה להרגיש כבר ב-1 בספטמבר. בעקבות הצורך להקצות רכבות לתפעול הקו המהיר, העומסים ברכבות בכלל ובין חיפה לתל אביב בפרט עומדים להחריף. לטענת הרכבת מדובר בהנחיה של משרד התחבורה.
הקו המרכזי שיסבול מהמהלך הוא קו באר שבע-נהריה. לפי החלטת הרכבת, הקו יתחיל ויסיים את פעולתו בתחנת הרצליה. הנוסעים לצפון יוכלו להחליף רכבות בתחנות תל אביב כדי להגיע לחיפה או לנהריה. הנוסעים דרומה יחליפו רכבת בהרצליה או שיעלו על הרכבות האחרות שנוסעות ישירות לדרום ויגבירו את העומס עליהן. בשישי ובמוצאי שבת הקו יפעל במתכונתו הנוכחית. לטענת הרכבת, הקיצור ישפיע על מעט נוסעים מכיוון שרוב המשתמשים בקו כיום יורדים בתחנות תל אביב.
קו נוסף שיקוצר הוא כרמיאל-באר שבע: בימות השבוע (א'-ה') הקו יתחיל ויסיים את השירות בתחנת חיפה מרכז השמונה ובימי שישי ובמוצ"ש יפעל במתוכנת הנוכחית. הנוסעים מתחנות כרמיאל ואחיהוד שרוצים להגיע דרומית לחיפה, יצטרכו להשתמש ברכבת הפרברית כרמיאל-חיפה חוף הכרמל ויוכלו להחליף רכבת בתחנת חיפה מרכז השמונה.
שני השינויים הללו צפויים ליצור עומס רב על הרכבות בין חיפה לתל אביב, שגם כך עמוסות לעייפה. לפי הרכבת, בשעות העומס בימי השבוע תפעלנה שלוש רכבות מחיפה לתל אביב, במקום ארבע שפועלות כיום. עבור תושבי כרמיאל מדובר בבשורה רעה עוד יותר, מכיוון שהרכבת הישירה למרכז התבטלה והם יצטרכו להשתמש ברכבת פרברית כדי להגיע לחיפה ומשם לקחת רכבת נוספת.
השינויים האלה מצטרפים אל הסגירה לסירוגין של תחנות מודיעין ונתב"ג כחלק משדרוג התשתיות לקראת הפעלת הקו המהיר לירושלים. התחנות ייסגרו החל מיום רביעי הקרוב, 1 באוגוסט, בשעה 21:00 ועד יום ראשון, 5 באוגוסט, בשעה 04:00. הן ייסגרו שוב מיום רביעי, 8 באוגוסט, ב-21:00 עד יום ראשון, 12 באוגוסט, בשעה 04:00. בימים רביעי וחמישי הרכבות תחלנה ותסתיימנה בתחנת תל אביב ההגנה ובימי שישי ובמוצאי שבת תחלנה ותסתיימנה בתחנת תל אביב סבידור מרכז.
שינויים צפויים גם בקו בית שמש-ירושלים מלחה, בשל העובדה שהקו המהיר יחליף את הקו הישן בין בית שמש לבירה ירווחו זמני הרכבות בקו זה. במהלך ימי השבוע יופעל הקו במתכונת של רכבת אחת כל שעתיים ובימי שישי ובמוצ"ש יופעל הקו במתכונת של רכבת אחת לשעה.
ההכנות לקו החדש לא כוללות רק גזרות על הציבור, אלא גם תנאים משופרים. בקו מודיעין-נתב"ג-תל אביב-נהריה צפויים לפעול החל מספטמבר קרונות דו קומתיים חדשים, שיגדילו משמעותית את קיבלות הנוסעים ברכבות שמופעלות בקו הזה, שהופעל עד כה באמצעות רכבות חד קומתיות.
בנוסף, קיצור קו באר שבע-נהריה, שעבר עד כה במסילות החוף העמוסות, יאפשר לנוסעי קו החוף שירות משופר שיכלול זמן עצירה ארוך יותר בתחנות חדרה מערב, נתניה ובית יהושע. תחנות אלה מאופיינות בכמות נוסעים גבוהה בשעות העומס, שלעתים גורם לעיכובים בלוחות הזמנים. לטענת הרכבת, בזכות הארכת זמן העצירה בתחנות ישופר גם הדיוק בקו בנימינה-רחובות/אשקלון.